Jezioro Lepaki Duże położone jest w gminie Ełk, 6 km w kierunku zachodnim od miasta w pobliżu wsi Mołdzie i Lepaki Wielkie, na szerokości geograficznej 53°49,7′, długości geograficznej 22°14,2′ i wysokości nad poziomem morza – 122,0 m. Zbiornik leży na cieku bez nazwy łączącym jeziora Dębniak i Sunowo.
Powierzchnia lustra wody na podstawie pomiarów batymetrycznych wykonanych w 1959 roku wynosi 19,7 ha, natomiast wg aktualnych danych geodezyjnych 21,19 ha.
Jezioro jest wydłużone w kierunku wschód – zachód z dużą zatoką w części północnej. Długość maksymalna jeziora wynosi 790 m, a szerokość 380 m. Długość linii brzegowej osiąga 2175 m i daje wskaźnik rozwoju 1,38, co świadczy, iż linia brzegowa jeziora jest słabo rozwinięta.
Jezioro nie jest głębokie. Jego maksymalna głębokość wynosi 8,0 m, a średnia głębokość 4,1 m. Dno muliste, jednak występują partie piaszczyste.
Bezpośrednie otoczenie jeziora tworzą pola uprawne (około 30 % linii brzegowej), pastwiska i łąki (ok. 25 %) i osiedla ludzkie (45%), co niekorzystnie wpływa na proces eutrofizacji. W zachodniej części zbiornika istnieje dopływ z jeziora Guzki, w południowej – rów melioracyjny z pól uprawnych. We północnej części zlokalizowane jest przewężenie łączące jezioro z jeziorem Lepaki Małe.
Dość wyraźne uwarstwienie termiczne i tlenowe w okresie stagnacji letniej świadczy o słabym mieszaniu się wody. Epilimnion sięga do 3 m. Przezroczystość wody mierzona jako widzialność krążka Secchiego wykonana w szczycie stagnacji letniej jest niska i nie przekracza 1,3 m, świadcząc o daleko posuniętym procesie eutrofizacji zbiornika.
Roślinność wynurzona jest uboga zarówno pod względem ilościowym jak i składu gatunkowego. Dominuje trzcina pospolita, rzadziej manna mielec i tatarak a powierzchnię występowania szacuje się na 12,7% powierzchni. Z roślin o liściach pływających występuje pojedynczo grążel żółty. Roślinność zanurzona zajmuje około 19,8% powierzchni i jest reprezentowana przez wywłócznik, moczarkę, rdestnice i ramienice.