Jezioro Lepaki Małe położone jest w gminie Ełk, 5 km w kierunku zachodnim od miasta w pobliżu wsi Lepaki Małe, na szerokości geograficznej 53°49,7′, długości geograficznej 22°14,4′ i wysokości nad poziomem morza – 122,0 m. Zbiornik leży na cieku bez nazwy łączącym jeziora Dębniak i Sunowo.
Powierzchnia lustra wody na podstawie pomiarów batymetrycznych wykonanych w 1959 roku wynosi 9,5 ha, natomiast wg aktualnych danych geodezyjnych 9,81 ha.
Jezioro jest owalne. Długość maksymalna jeziora wynosi 445 m, a szerokość 285 m. Długość linii brzegowej osiąga 1095 m i daje wskaźnik rozwoju 1,0, co świadczy, iż linia brzegowa jeziora jest słabo rozwinięta. Zbiornik nie jest głęboki. Jego maksymalna głębokość wynosi 8,8 m, a średnia głębokość 4,6 m. Dno muliste, z niewielkimi partiami piaszczystymi.
Bezpośrednie otoczenie jeziora tworzą pola uprawne, pastwiska i łąki co niekorzystnie wpływa na proces eutrofizacji. W zachodniej części południowo – zachodniej zbiornika istnieje dopływ z jeziora Lepaki Duże, we wschodniej – odpływ do jeziora Sunowo.
Dość wyraźne uwarstwienie termiczne i tlenowe w okresie stagnacji letniej świadczy o słabym mieszaniu się wody. Epilimnion sięga do 3 m. Na 4-5 m znajdują się termo- i oksyklina. Poniżej 4 m wyraźnie ochładza się woda a zawartość tlenu spada do 0 mg/l, co wyłącza z żerowania 49% dna, uniemożliwiając wytworzenie silnej populacji ryb związanych z głębszymi partiami dna – głównie starszymi rocznikami leszcza. Przezroczystość wody mierzona jako widzialność krążka Secchiego wykonana w szczycie stagnacji letniej jest niska i nie przekracza 1,3 m, świadcząc o daleko posuniętym procesie eutrofizacji zbiornika.
Roślinność wynurzona jest uboga zarówno pod względem ilościowym jak i składu gatunkowego. Dominuje trzcina pospolita, rzadziej manna mielec, sit i tatarak a powierzchnię występowania szacuje się na 12,6% powierzchni. Z roślin o liściach pływających występuje pojedynczo grążel żółty. Roślinność zanurzona zajmuje tylko 4,2% powierzchni i jest reprezentowana głównie przez moczarkę.