Jezioro Lipińskie położone jest na terenie gminy Ełk, 16 km w kierunku zachodnim od Ełku, obok wsi Klusy, na szerokości geograficznej 53°46,9′, długości geograficznej 22°09,4′ i wysokości nad poziomem morza – 121,3 m. Zbiornik leży na cieku bez nazwy łączącym go z jeziorem Zdedy i Ogródek. Powierzchnia lustra wody na podstawie pomiarów batymetrycznych wykonanych w 1964 roku wynosi 249,1 ha, natomiast wg aktualnych danych geodezyjnych 272,1 ha.
Jezioro jest silnie wydłużone z dużą, głęboką zatoką w części zachodniej. Jego długość maksymalna jeziora wynosi 5500 m, a szerokość 600 m. Długość linii brzegowej osiąga 17150 m i daje wskaźnik rozwoju 3,07, co świadczy, iż linia brzegowa jeziora jest bardzo silnie rozwinięta. Maksymalna głębokość wynosi 23,0 m, a średnia głębokość 3,5 m. Za wyjątkiem zatoki, głębokość nie przekracza 4,9 m. Dno silnie urozmaicone – wskaźnik głębokości 0,15 – prawie na całej powierzchni pokryte osadami o miąższości 0,1 – 0,7 m.
Bezpośrednie otoczenie jeziora tworzą zalesione brzegi (60%) pastwiska, łąki, pola (35%), osiedla ludzkie (5%). W części północnej jeziora znajduje się dopływ z jeziora Zdedy, a w zachodniej – okresowy z jeziora Kociołek. Do zbiornika wodę doprowadza kilka niewielkich, okresowych cieków o charakterze rowów melioracyjnych. Odpływ – do jeziora Ogródek.
W okresie letnim wykształca się uwarstwienie termiczne (zatoka). Położenie wśród lasów utrudnia mieszanie się wody. Ciepły i dobrze natleniony epilimnion sięga tylko do 2 m głębokości, metalimnion ze skokiem termicznym o maksymalnym gradiencie 40C, oraz hypolimnion są całkowicie pozbawione tlenu. Na taki stan rzeczy miał niewątpliwie wieloletni dopływ mocno zeutrofizowanej wody z jeziora Zdedy oraz spływy z silnie nawożonych pól. Zimą, na skutek skumulowania się dużej ilości biogenów oraz możliwości dopływu beztlenowej wody z jeziora Zdedy, zbiornik jest narażony na przyduchy częściowe lub całkowite (ostatnia – zimą 1995/96).
Roślinność wynurzona porasta całą linię brzegową (ok. 15% dna). Gatunkami dominującymi są trzcina pospolita, sitowie, skrzypy i pałka wąskolistna. Rzadziej występuje tatarak. Z roślin o liściach pływających występują najczęściej grzybień biały, grążel żółty i nielicznie osoka aloesowata. Roślinność zanurzona występuje na 30% powierzchni i jest reprezentowana przez rdestnice – przeszytą i połyskującą, moczarkę kanadyjską, rogatek i ramienice.